La realització del programa ECOSIND amb quatre regions europees requereix una estructura definida:

• Grup de Treball Interregional (GTI)

  El GTI inclou representants de les regions participants. Té les funcions de dirigir i supervisar el desenvolupament de l'OMR ECOSIND. La seva coordinació correspon al cap de fila, la Generalitat de Catalunya.

• Unitats de Gestió Regionals (UGR)

  Cada regió associada comptarà amb una Unitat de Gestió Regional formada per diferents entitats que assessoraran al GTI a l'hora de seleccionar els projectes, valorar el seu desenvolupament tècnic, etc. Aquestes UGR's es constituiran a partir del partenariat regional, que ha col·laborat en l'elaboració d'ECOSIND.