L’abril de 2005 s’inicien els treballs arqueològics, a càrrec de Josep Maria Nolla i Lluís Palahí. Simultàniament, s’enderroquen les finques del carrer Joan Maragall. S’obté l’autorització de la Direcció General del Patrimoni Cultural per desmuntar les restes arqueològiques i l’empresa pública Gestió d'Infraestructures (GISA) convoca el concurs d’acord amb l'Ajuntament de Girona.

La tasca no és només construir la nova casa de la Generalitat, sinó que també inclou rehabilitar l’edifici històric de l’hospital, urbanitzar les places Hospital i Pompeu Fabra i el carrer Joan Maragall, així com construir un aparcament subterrani, amb una capacitat de 444 places, de les quals 58 es reserven per als vehicles oficials de la Generalitat. Les obres s’adjudiquen a la Unió Temporal d’Empreses formada per Dragados i SABA, i comencen a principis de 2006.

Les primeres actuacions consisteixen en el desviament dels serveis afectats i l’excavació arqueològica de les voreres de les places Hospital i Pompeu Fabra, que s’havia ajornat per no afectar els veïns de la zona. Comença el procés de construcció de les pantalles de formigó que suportaran l’aparcament, així com el reforçament dels fonaments de l’edifici històric. Acabades aquestes tasques, es realitza el buidat de terres de l’aparcament i la construcció dels seus pilars i forjats.

Durant el 2007, mentre es realitzen els treballs interiors a l’aparcament, es va aixecant l’estructura de l’edifici de nova planta al carrer Joan Maragall i Gran Via, i segueixen els treballs estructurals a l’edifici històric. També s’acaba la fase d’urbanització dels espais públics. Pels volts de Sant Narcís l’aparcament subterrani s’obre al públic.

Entre abril i octubre del 2009 s’efectuaran totes les proves que una infraestructura com aquesta requereix: calderes, climatitzadors d’aire condicionat, instal·lació d’aigua – que està dotada d’un sistema de recollida d’aigües plujanes en un dipòsit i el seu tractament per aprofitar-les per als inodors –, el grup electrogen, l’estació transformadora pròpia, les cèl·lules fotovoltaiques i les bateries, que proporcionaran enllumenat ornamental sense cost, els col·lectors solars que escalfaran l’aigua sanitària, el control automàtic d’il·luminació, les instal·lacions de seguretat, la megafonia, els sistemes de protecció d’incendis amb els seus detectors i, finalment, la programació dels deu ascensors del centre administratiu.

A banda d’aquestes proves tècniques, caldrà instal·lar els nous servidors informàtics, amb nous terminals, la nova centraleta i el sistema telefònic. També es transferirà la documentació al nou arxiu de quinze mil metres linials a la planta subterrània. Poc abans de la inauguració es moblarà l’edifici, s’instal·larà la retolació i la senyalística, entre d’altres actuacions. Tot estarà a punt perquè la nova Delegació de la Generalitat a Girona comenci a funcionar en òptimes condicions, amb un objectiu primordial: atendre el ciutadà tal com es mereix.