Los animales y los vegetales pueden ser tratados a lo largo de su vida productiva con sustancias químicas para la prevención o la curación de las enfermedades. En los casos de animales productores de alimentos para el consumo humano esto puede dar lugar a la aparición de residuos de estas sustancias a los alimentos que se derivan, como las carnes, la leche, los huevos, etc. Asimismo, como consecuencia de los tratamientos fitosanitarios para prevenir y controlar las plagas y las enfermedades de los vegetales también pueden quedar residuos de los productos señalados en o sobre los referidos vegetales.

Se consideran residuos aquellas sustancias que pueden aparecer de forma no deseada en un alimento como consecuencia del uso de medicamentos veterinarios, de productos fitosanitarios o también de sustancias prohibidas y que están presentes en el producto final.

Se han de diferenciar los residuos de los contaminantes medioambientales que son aquellas sustancias que de manera no intencionada pueden aparecer en un alimento en cualquier punto de la producción o distribución a lo largo de la cadena alimentaria. La presencia de los contaminantes medioambientales puede ser, en muchos casos, no atribuible a la negligencia o descuido de los operadores comerciales.

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