El Consejo de Dirección es la instancia máxima del premio. Define las características y lo convoca, nombra y remueve a los miembros del Jurado y determina su convocatoria y proclama los premios. Está integrado por los siguientes miembros:
- Presidente de la Generalitat de Catalunya, que ejerce la presidencia
ARTUR MAS i GAVARRÓ
- Titular del Departamento que tiene competencias en investigación, que ejerce la vicepresidencia primera.
ANDREU MAS-COLELL, consejero de Economía y Conocimiento.
- Titular del Departamento que tiene competencias en medio ambiente, que ejerce la vicepresidencia segunda.
LLUÍS RECODER i MIRALLES, consejero de Territorio y Sostenibilidad
- Presidente/a del Institut d'Estudis Catalans, que ejerce la vicepresidencia tercera.
SALVADOR GINER
- Director/a del Instituto de Ciencias del Mar.
ALBERT PALANQUES
- Director/a del Departamento de Ecología de la Facultad de Biología de la Universidad de Barcelona
FRANCESC SABATER I COMAS
- Director/a del Centro de Búsqueda Ecológica y de Aplicaciones Forestales.
JAVIER RETANA
- Una persona miembro de la comunidad universitaria o académica catalana.
JAUME TERRADAS
- Una persona miembro de la sociedad civil catalana con mérito reconocido en el ámbito de la ecología y las ciencias ambientales.
JORDI SARGATAL
- Una persona designada por la familia de Ramon Margalef.
RAMON MARGALEF i MIR
El Consejo de Dirección está asistido por una Secretaría Técnica, que es la instancia gestora del Premio y ejecuta las decisiones del Consejo de Dirección. Garantiza la buena difusión de la convocatoria anual, recibe las candidaturas, propone la convocatoria del jurado, envía las candidaturas al jurado, asegura la logística de las reuniones y levanta las actas. La Secretaría Técnica está formada por:
- JOHN CELECIA, Ph.D. Especialista ex-Senior del Programa de la UNESCO Man and the Biosphere (MAB), Profesor de Ecología & Desarrollo Humano Sostenible.
- TERESA SALA , Departamento de la Presidencia, Generalitat de Catalunya