La Generalitat de Catalunya va crear l'any 2004 el Premi Ramon Margalef d'Ecologia, honorant així la memòria del savi català i universal. El guardó, d'àmbit internacional, té com a objectiu el reconeixement d'aquelles persones d'arreu del món que s'hagin distingit de manera excepcional en el conreu de la ciència ecològica.
Es poden presentar candidatures al Premi Ramon Margalef d’Ecologia corresponent a l’any 2024 fins el 30 d'abril.