Entre 1599, a l'inici del regnat de Felip II (III de Castella), i 1701, arran de l'entronització de Felip IV (V), primer rei de la dinastia borbònica, no hi hagué altra celebració de Corts que la de l'any 1626, interrompuda, i represa el 1632, però finalment inconclusa per manca de possibilitat d'acord entre la monarquia i els representants de la societat catalana. En molts aspectes, doncs, la darrera pedra de l'edifici constitucional de Catalunya fou posada a la Cort General de Barcelona de 1599. Abans de quedar, de fet, interromput el funcionament polític normal de Catalunya, aquesta Cort, que comptà amb la presència prescriptiva del monarca, posà ja en evidència el conflicte constitucional que esclataria a l'inici del següent regnat, el de Felip III (IV) l'any 1622: els reis, allunyats físicament de Catalunya, pretenien que les institucions catalanes acceptessin els delegats del poder reial -lloctinents i capitans generals- abans que el nou monarca hagués jurat les constitucions. El 1623, després de llarga resistència, fou acceptat un lloctinent interí que durà més de tres anys, fins que el monarca complí el requisit constitucional del jurament en ocasió de l'inici de la Cort frustrada de 1626.
Encara que el 1599 va quedar en suspens la intenció de cobrar la cinquena part dels ingressos dels municipis, la pressió fiscal de la monarquia sobre Catalunya anava augmentant, i els intents de cobrar el quint reprengueren el 1611 i afectaren la ciutat de Barcelona el 1620. La resistència dels municipis fou emparada per la Diputació de la Generalitat, que va declarar insconstitucionals tant l'impost en si com els procediments dràstics per cobrar-lo. Igualment, fou considerada contrafacció el reiterat intent virregnal de prohibir la possessió de determinades armes, argumentat pel greu problema del bandolerisme i la necessitat d'establir la seguretat pública, mentre que la Diputació instava les localitats a formar cossos defensius propis. Un altre motiu de dissensió era la defensa externa del país i la cooperació amb els designis militars de la monarquia. El mateix 1599 la Diputació va armar dues galeres per defensar les costes catalanes, però aviat es va trobar amb què la Capitania General les utilitzava per al transport de tropes a Itàlia i, després d'haver quedat preses a mans dels algerians el 1623, la representació catalana a la Cort de 1626 aprofità per insistir en la jurisdicció privativa del rei en matèria de defensa. En aquesta reunió parlamentària, la part catalana s'oposà al projecte de la Unió d'Armes del ministre Olivares, que preveia el sosteniment estable d'un exèrcit de 16.000 homes pagats per la Diputació. El fracàs de les negociacions parlamentàries, motivat per aquests i altres conflictes, deturà l'aprovació de noves lleis previstes per ampliar la base representativa de la Diputació i constituir la Sala de Sant Jordi, un tribunal de garanties constitucionals destinat a reformar l'Observança.
El pas de la guerra latent a la guerra oberta amb França convertí Catalunya en frontera militar i base logística el 1635. L'allotjament dels soldats del rei, així com les lleves encobertes, l'increment de la pressió fiscal i altres abusos, a més de la prohibició del comerç amb França, foren el rerefons de l'exercici triennal iniciat l'estiu de 1638 pels diputats Pau Claris (eclesiàstic i, per tant, president de la institució a efectes cerimonials), Francesc de Tamarit (militar) i Josep Quintana (popular). Les acusacions de contrafacció per motiu dels allotjaments van ser considerades responsables de la revolta pagesa de 1640, que donà lloc a l'empresonament de Tamarit i que, al seu torn, encengué més la revolta, que entrà a Barcelona el dia 22 de maig per alliberar-lo i, en el curs de l'avalot del dia 7 de juny (Corpus de Sang), acabà amb la vida del virrei, comte de Santa Coloma, enmig de la passivitat de diputats i consellers. Aquest acte precipità l'inici de la Guerra dels Segadors.
La Diputació nuà amb França el pacte de Ceret el 7 de setembre de 1640, pel qual Catalunya havia de rebre suport militar, se separaria de la Monarquia Hispànica i quedaria constituïda com a república lliure sota la protecció del rei francès. Pau Claris convocà la Junta General de Braços, que s'erigí en la institució rectora de la nova situació, va fer oficials els compromisos amb França i la secessió i va emetre deute públic per finançar les despeses militars. L'avanç victoriós de les tropes castellanes per Cambrils i Tarragona féu que la Junta cedís a les pressions franceses i proclamés Lluís XIII comte de Barcelona 23 de gener de 1641, tres dies abans de la batalla de Montjuïc, que deturà l'atac a Barcelona. Encara que el pacte de Péronne de 19 de setembre de 1641 respectava les constitucions i el pactisme, els abusos sobre la població catalana i sobre les seves institucions, no sols no minvaren, sinó que s'incrementaren greument al llarg dels anys de domini francès, mentre que la guerra es perllongava sobre els territoris catalans, fins que la feblesa ocasionada per la minoria d'edat de Lluís XIV i la fractura institucional de la mateixa Diputació van facilitar els èxits de l'ofensiva castellana de 1651-1652, dirigida per Joan Josep d'Àustria, que entrà a Barcelona. La guerra s'allargà encara fins que el tractat dels Pirineus de 1659 sancionà la annexió a França del Rosselló, el Conflent, el Vallespir i part de la Cerdanya.