L'extinció del Casal de Barcelona el 1410, la situació excepcional de l'Interregne que finalitzà amb el Compromís de Casp de 1412 i la instauració d'una nova dinastia foren l'ocasió per a l'increment del poder polític de la Diputació del General en detriment de la sobirania monàrquica, amb canvis concretats des de la Cort de Barcelona de 1413. Les noves funcions polítiques, compatibles amb una economia de la institució progressivament deficitària i mal gestionada, donaren lloc a una fase d'expansió de les activitats que desembocà, com a culminació d'un seguit de conflictes, en una Guerra Civil en què la Diputació s'enfrontà amb el rei Joan II (1462-1472).
A la sortida de la guerra, que tingué conseqüències nefastes en l'ordre econòmic per a la societat catalana i que posà en relleu les deficiències del funcionament de la Diputació del General i el seu caràcter oligàrquic, la monarquia triomfant, en la persona del fill i successor d'aquell rei, Ferran II, emprengué una reforma de la institució catalana en profunditat i orientada a introduir mecanismes de control extern, que foren posats en mans de poders emanats de la monarquia.
Després d'aquest redreç, a començament del segle XVI, una monarquia en expansió i amb bases territorials més diversificades depenia molt menys de les aportacions econòmiques servides per la Diputació del General i, en canvi, era interessada a incrementar les responsabilitats de la institució catalana en el govern del Principat al servei dels designis de la monarquia; però els diputats foren sistemàticament oposats a aquesta via de reforçament del seu paper polític dirigent a Catalunya. En qualsevol cas, la reconstrucció econòmica del país després de la Guerra Civil permeté, al llarg de tot el segle XVI, la consolidació financera de la Diputació del General i el màxim desplegament de la seva xarxa institucional.
Hom pot distingir, doncs, dues fases de caràcter diferent: