El dia 5 d'abril de 1938, a la vista ja del descabdellament de la guerra civil, el general Franco signà a la ciutat de Burgos un decret que abolia la Generalitat de Catalunya i declarava «revertidos al Estado la competencia de legislación y ejecución que le corresponde en los territorios de derecho común y los servicios que fueron cedidos a la región catalana». Amb l'ocupació militar de Catalunya, completada a començament de l'any 1939, la supressió de la Generalitat, la incautació del seu patrimoni i la restauració de les Diputacions provincials -la de Barcelona rebé com a seu el Palau de la plaça de Sant Jaume- encetaren un període de privació de la democràcia i els drets nacionals catalans que havia de durar fins a la mort del dictador el 20 de novembre de 1975.
Les autoritats de la Generalitat de Catalunya, com les de la República espanyola, hagueren d'exiliar-se. El president Lluís Companys va refugiar-se a França, però, arran de l'esclat de la Segona Guerra Mundial i l'ocupació alemanya del territori francès, va ser detingut pels nazis i lliurat a la policia franquista. Traslladat primer a Madrid i després a Barcelona, el president de la Generalitat va ser jutjat en un consell de guerra sumaríssim i afusellat al castell de Montjuïc el dia 15 d'octubre de 1940.
A la mort de Companys, Josep Irla, president del Parlament de Catalunya elegit el 1938, va assumir interinament el càrrec de president de la Generalitat a l'exili, i el 1945 formà un govern integrat per persones de prestigi però comprensiblement inoperant. Arran de la seva dimissió el 1954, un grup d'antics diputats del Parlament català, reunit a l'ambaixada espanyola a Mèxic (conservada per les autoritats republicanes exiliades perquè el govern mexicà no havia reconegut el règim de Franco), decidí mantenir la continuïtat institucional i va elegir president de la Generalitat Josep Tarradellas, que el 1937 havia estat conseller primer del govern català i conseller de Finances. El president Tarradellas, resident a França, va ser reconegut com a dipositari de la continuïtat legal de la Generalitat per les forces polítiques catalanes i, a la darrera etapa de la dictadura franquista, establí contactes amb els nous líders sorgits a l'interior de Catalunya.