Arran dels esdeveniments d'abril de 1931 quedà constituïda, amb caràcter provisional, la Generalitat de Catalunya, presidida per Francesc Macià i composada per un consell o govern, una assemblea de representants dels municipis -denominada Diputació Provisional de la Generalitat- i uns comissaris que, en qualitat de delegats del govern, s'encarregaven dels serveis pertanyents a les suprimides Diputacions provincials de Girona, Tarragona i Lleida, mentre que la de Barcelona -i la seva seu de la plaça de Sant Jaume- esdevenia altre cop la base principal del poder autònom de Catalunya.
A la darreria de 1932, amb l'aprovació de l'Estatut i les eleccions al Parlament, quedà configurada la Generalitat definitiva, amb Francesc Macià ratificat com a president i Lluís Companys nomenat president del Parlament. A la mort del primer, el 25 de desembre de 1933, correspongué la presidència de la Generalitat al segon, que l'exercí fins al final de la Guerra Civil, excepte el parèntesi de suspensió de l'Estatut que va d'octubre de 1934 a febrer de 1936. En la presidència del Parlament, succeïren Companys Joan Casanovas, fins a octubre de 1938 (amb el mateix parèntesi), i Josep Irla, a partir d'aquesta data.
Per l'Estatut Interior de Catalunya de 25 de maig de 1933 quedaren fixades les institucions fonamentals de l'autonomia i les relacions entre elles, i es configurà el Consell Executiu, encapçalat pel president de la Generalitat -o per un conseller primer, com a delegat de l'anterior- i format per consellers titulars dels departaments de l'administració. A causa dels grans trasbalsos dels anys 30, la transferència de les competències prevista encara no havia estat completada quan es produí l'abolició de la Generalitat el 1939, però des de bon començament l'aportació econòmica estatal per fer front als serveis transferits encara fou més lenta i resultà sempre insuficient, de manera que el dèficit hagué de ser compensat amb aportacions extraordinàries dels municipis.
Els primers mesos de l'any 1934 quallaren les lleis més importants per a l'organització de la nova Catalunya. El traspàs dels serveis d'ordre públic, que permeté eliminar els governadors civils (11 de gener), donà lloc a la Junta de Seguretat de Catalunya, que coordinava les accions autonòmica i estatal en aquesta àrea. D'acord amb les previsions estatutàries, va quedar constituït el Tribunal de Cassació, amb jurisdicció sobre les matèries civils i administratives de competència autonòmica, format per un president i dotze magistrats i organitzat en dues sales: la civil, encarregada d'aplicar el dret civil català; i la contenciosa administrativa, que actuava en defensa dels drets dels ciutadans contra la mateixa administració pública. En matèria educativa, la Generalitat seguí els passos de la Mancomunitat i prengué iniciatives que anaven més enllà de les transferències realitzades pel govern central. Un altre dels fronts de la política de la Generalitat fou l'organització territorial i la reforma del règim local, amb una llei municipal que recollia les aspiracions del moviment municipalista.
Arran de la formació, el 4 d'octubre de 1934, d'un govern de la República que donava entrada a una organització considerada antirepublicana i autiautonomista, el president Companys va proclamar unilateralment un «Estat Català de la República Federal espanyola» el dia 6, però la insurrecció va ser avortada el mateix dia pel capità general de Catalunya, i Companys destituït i empresonat, en un ambient de repressió molt marcada. Entre octubre de 1934 i febrer de 1936, amb l'Estatut suspès, la presidència de la Generalitat fou ocupada per persones designades pel govern central amb el títol de governadors generals de Catalunya. El triomf del Front Popular a les eleccions de 16 de febrer de 1936 comportà l'aixecament de la suspensió de l'Estatut, l'excarceració de Companys i la seva reposició en la presidència de la Generalitat. L'aixecament militar del 18 de juliol fracassà a Catalunya i fou seguit de manera immediata per un desbordament revolucionari de l'autoritat de la Generalitat de Catalunya, perquè les forces sindicals de la CNT van imposar un Comitè Central de Milícies Antifeixistes que actuà com un autèntic poder governamental al llarg dels mesos següents. El setembre de 1936 es formà, encapçalat per Josep Tarradellas com a conseller primer, un govern d'unitat amb forces d'esquerra, que, amb el decret de col·lectivitzacions de 24 d'octubre, legalitzà els actes revolucionaris i mirà d'anar restablint una certa normalitat. Els fets de maig de 1937 deturaren la revolució, i les forces republicanes concentraren l'activitat en la guerra. Catalunya, un dels darrers bastions de la legalitat, hagué d'acollir en el seu territori el govern central, que interferí en les competències de la Generalitat en una situació cada vegada més anormal i desesperada, que precedí la victòria militar dels sublevats.