
A pesar del estallido de la Guerra Civil, la publicación del Butlletí Oficial no se interrumpió. El 26 de agosto de 1936, el Butlletí Oficial se convierte en Diari Oficial de la Generalitat de Cataluña, denominación que ha perdurado hasta hoy.
En los números correspondientes al período de la Guerra Civil, encontramos, por ejemplo, el decreto de creación de las Milicias Antifascistas, el decreto por el cual los ciudadanos de Cataluña consiguen la mayoría de edad a los 18 años, la creación en Barcelona de una tarjeta de racionamiento familiar o los indultos de pena de muerte a los condenados por rebelión militar.
El último número aparece el 26 de enero del 39, el día de la caída de Barcelona a manos de las tropas franquistas. En este número se publicaron, entre otros, dos ascensos al cargo de Sargento del Cuerpo de Seguridad de Cataluña y se informa que hay diversas mercancías abandonadas en la Aduana de Barcelona para que puedan ser reclamadas "por los que se crean con derecho". Con el final de la Guerra Civil y el exilio de los miembros del Gobierno y los diputados del Parlament, el Diari Oficial deja de aparecer.