La Generalitat gestionarà el servei, decidirà les freqüències de pas, les tarifes i els horaris, marcarà els nivells objectius de qualitat, i inspeccionarà el servei.
Aquests diners serveixen perquè el Govern compensi econòmicament a cadascuna de les empreses gestores o concessionàries.
S'inclouen dues reserves naturals parcials, a les Medes i als aiguamolls del Baix Ter, i una reserva natural integral a la zona emergida de les illes Medes.